του 1982 ανέλαβε υφυπουργός Εξωτερικών στην κυβέρνηση του Ανδρέα Παπανδρέου, παραμένοντας σε αυτή τη θέση και στην επόμενη κυβέρνηση, μέχρι το Σεπτέμβριο του 1987.
Στο μεταξύ, από τον Ιανουάριο του 1987 ήταν ταυτόχρονα υφυπουργός Προεδρίας της Κυβέρνησης και Εξωτερικών.
Στη συνέχεια, μετά το Σεπτέμβριο του 1987, πήρε τη θέση του αναπληρωτή υπουργού Εξωτερικών έως τον Ιούλιο του 1989.
Στη διάρκεια της θητείας του διαπραγματεύθηκε το γνωστό μορατόριουμ μεταξύ Ελλάδος και Τουρκίας, διαχειρίστηκε, στο διπλωματικό πεδίο, τη μεγάλη ελληνοτουρκική κρίση του 1987 και έγινε κυρίως γνωστός για τις σκληρές θέσεις του, ιδίως στα θέματα του Αιγαίου και της Κύπρου.
Επίσης, διαπραγματεύτηκε και υπέγραψε την συμφωνία για την απομάκρυνση των αμερικανικών βάσεων. Παρά το γεγονός ότι η συμφωνία αναθεωρήθηκε από την επόμενη κυβέρνηση, ως προς το εισαγωγικό μέρος της, οι τεχνικές ρυθμίσεις παραμένουν σε ισχύ και περιλαμβάνουν την κατάργηση της ετεροδικίας, της AMAG και ενός πλέγματος 120 συμφωνιών.
Έχει τιμηθεί με 14 παράσημα. Μετά τη συνταξιοδότηση του, αφοσιώθηκε στην συγγραφή βιβλίων. Έχει εκδώσει 15 συνολικά βιβλία, εκ των οποίων τα περισσότερα σημείωσαν μεγάλη εκδοτική επιτυχία, ενώ ιδιαίτερα δημοφιλές μέχρι σήμερα παραμένει το πρώτο του βιβλίο, «Χαμένες Πατρίδες», που εξέδωσε το 1962.
Συλλυπητήρια του Προέδρου της Βουλής για την απώλεια του Γιάννη Καψή
Τη θλίψη του για την απώλεια του πολιτικού και δημοσιογράφου Γιάννη Καψή εξέφρασε ο Πρόεδρος της Βουλής κ. Νικόλαος Βούτσης.
Συγκεκριμένα ο κ. Βούτσης δήλωσε:
«Ο Γιάννης Καψής, ένας διακεκριμένος δημοσιογράφος και πολιτικός με μακρά και γόνιμη διαδρομή στα δημόσια πράγματα της χώρας, έφυγε από τη ζωή σήμερα.
Το πάθος του για την αλήθεια και τη δημοκρατία, οι πολιτικοί και κοινωνικοί του αγώνες αποτυπώθηκαν στη σημαντική διαδρομή του μέσα από το προδικτατορικό «Έθνος» και τα μεταπολιτευτικά «Νέων».
Η πολυετής θητεία του στο υπουργείο Εξωτερικών ανέδειξε ένα πλούσιο διπλωματικό έργο για την υπεράσπιση των εθνικών μας θεμάτων, με συνθήκες και συμφωνίες που παραμένουν σε ισχύ ως τις μέρες μας.
Θέλω να εκφράσω τα θερμά συλλυπητήριά μου στους οικείους του.»
